Berikut ini adalah nama-nama kepala madrasah yang pernah menjabat di MTsN 1 Kota Lhokseumawe
| Nomor | Nama Kepala Madrasah | Lama Menjabat |
|---|---|---|
| 1 | Drs. Muhammad Cut | 1977 – 1981 |
| 2 | Drs. Zakaria | 1982 – 1987 |
| 3 | Drs. M. Daud Sulaiman | 1988 – 1990 |
| 4 | Drs. Muh. Rasyid Yahya | 1991 – 2000 |
| 5 | Drs. Ibrahim Syarif | 2000 – 2001 |
| 6 | Salman, S.PD, M.Pd | 2001 – 2008 |
| 7 | Zulkifli, S. Ag | 2008 – 2011 |
| 8 | Wildani, S.Pd | 2011 – 2012 |
| 9 | Herman, S.Pd, SH, M.Pd | 2012 – 2023 |
| 10 | Husni, S.Ag, M.Pd | 2024 – sekarang |